东京峰会开办地是东京湾边的新建筑“海之边缘”，将在5月1日开办峰会的时候将有约2万名警察出动。然而某一天却在那里发生了发生超大规模的爆炸事件，在那里还出现了安室透的身影。对于不是峰会举办当日而是之前发生爆炸，以及安室透难以理解的行动，柯南感觉到了极大的违和感。 就在这时，现场证物上留下的指纹，竟然和毛利小五郎的指纹一致！这究竟隐藏着怎样的阴谋。围绕着逮捕小五郎，寻找真相的柯南和安室透陷入敌对。 谜一般的安室透，究竟是敌人，还是队友？“机密任务”的倒计时，已经向“那个时间”开始了。